El X, esto puede ir desde fácil a pesadilla. Esta es una solución posible para XFree86 v3.3.6 cuando usamos un teclado noteamericano:

1. Salir de X antes de alterar la configuración.
2. En la sección de teclado de /etc/X11/XF86Config usar:

   Section "Keyboard"
       Protocol	"Standard"
       AutoRepeat	500 30
       XkbKeymap   "xfree86(us)"
   EndSection
   

   Esto le dice a X que use el protocolo estandard y una variante de teclado norteamericana común. Hasta acá es lo común para USA.

3. Hay que asegurarse que X entienda que usamos caracteres latinos de europa occidental. Para eso ponemos en algún punto que ejecute el bash al levantar esto:

   export LANG=es_AR
   export LANGUAGE=es_AR
   export LC_ALL=es_AR
   

   [Galleguitos argentinos ;-]

   Por ejemplo en /etc/profile y /etc/bash.bashrc (todos los usuarios quedan español Argentina por defecto).

   Con esto X se va a dar cuenta que nos importan los acentos y nos va a habilitar una tabla de composición de acentos acorde. La tabla está en /usr/X11R6/lib/X11/locale/iso8859-1/Compose

   Otra opción es engañarlo y decirle que somos yanquis (en_US por ejemplo) y también debería seleccionar esto.

   Una vez alterado esto no olvidemos relogearnos para que los cambios tengan efecto y verificarlo con algo tipo:

   set | grep LANG

4. Una vez que le dijimos a X el archivo /usr/X11R6/lib/X11/locale/iso8859-1/Compose nos importa hay que cambiarlo por uno levemente retocado. Esto es necesario ya que el que propongo define varias cosas que harán que X se comporte como configuramos la consola.

   Reemplazar /usr/X11R6/lib/X11/locale/iso8859-1/Compose por esto: usr/X11R6/lib/X11/locale/iso8859-1/Compose

   [Los siguientes pasos seleccionan tres teclas que vamos a usar]

5. Ahora elegimos con que tecla vamos a crear los acentos componiendo, ejemplo: con F12 (código 96 en el teclado US) para eso ponemos en /etc/X11/Xmodmap esto:

   keycode 96 = Multi_key

   Con esto presionando F12 y dos veces ! sale ¡ o con F12, ~,n sale ñ.

   Si tenemos un teclado de 104 teclas podemos poner:

   keycode 116 = Multi_key

   Y usar la tecla "Windows Derecha" (116) para componer los acentos.

6. Como el acento agudo es el que más se usa le podemos poner un short-cut agregando esto a Xmodmap:

   keycode 48  = dead_acute quotedbl

   Con esto la tecla ' acentúa. Si usamos el archivo Compose que está incluido aquí se agregan varias cositas que ya definimos en la consola (tipo '+n = ñ).

7. Faltaría emular el comportamiento del "Alt Derecho/Menú" que hicimos en la consola. Si tenemos un teclado de 104 teclas podemos poner:

   keycode 117 = dead_circumflex

   El archivo de Compose que se incluye aquí se encarga de enseñarle a X que es lo que nosotros hacemos con esa tecla (nada que ver con el acento circunflejo ;-).

Resumen:

1. X se configura como en USA (el teclado es yanqui después de todo).
2. En el /etc/X11/Xmodmap ponemos 3 definiciones:

   keycode 116 = Multi_key
   keycode 117 = dead_circumflex
   keycode 48  = dead_acute quotedbl
   

   (Teclado de 104 teclas)
   o bien

   keycode 96 = Multi_key
   keycode 113 = dead_circumflex
   keycode 48  = dead_acute quotedbl
   

   (Teclado de 101 teclas)
   Ejemplo: etc/X11/Xmodmap.

3. Copiamos el archivo Compose a /usr/X11R6/lib/X11/locale/iso8859-1/ y nos aseguramos que X lo cargue (ya sea diciendo que usamos es_AR o en_US o lo que se nos ocurra).

4. Finalmente cargamos X y lo probamos.